Chile también impidió a los buques españoles abastecerse de carbón en puertos chilenos. El representante de España en Chile firmó con el Gobierno chileno un tratado de entendimiento, pero fue desautorizado en Madrid y cambiaron al representante.
El nuevo representante español le dio un ultimátum al Gobierno de Chile para que se disculpara o destruirían Valparaíso. Chile no aceptó y le declaró la guerra a España el 24 de septiembre de 1865, habiéndose aliado con Perú, Bolivia y Ecuador.
Después del Combate Naval de Abtao, la escuadra española desarrolló una segunda campaña a Chiloé para tratar de destruir a la Escuadra combinada chileno-peruana, ahora con la participación de las fragatas blindadas españolas "Numancia" y la "Blanca". Sin embargo, el Capitán de Navío Juan Williams Rebolledo había previsto esta posibilidad enemiga con anticipación suficiente para cambiar el Apostadero de sus naves desde Abtao al Estero de Huito, frente a Calbuco, que le ofreció un refugio más seguro, por tener un acceso natural mucho más estrecho.
El Jefe español, Contraalmirante Casto Méndez Núñez, después de explorar Abtao, siguió al sur y ubicó los humos de las naves aliadas en Huito, pero no se aventuró a ingresar al estero para combatir con un espacio de maniobra tan restringido. Posteriormente, la situación de la escuadra española se tornó casi insostenible.
La guerra con Chile no obedecía a objetivo político español alguno, sino más bien a un vehemente apetito de represalia de un Almirante ya desaparecido. Adicionalmente, había redundado en que Perú, Ecuador y Bolivia le hubiesen declarado la guerra a España, con lo que se encontraban privados de toda posible posición para apoyo logístico de las naves cerca del teatro de operaciones. Faltaban el carbón, los víveres y hasta el sebo para las máquinas.
Desde otro punto de vista, el bloqueo comercial no había surtido el efecto esperado, dados la extensión del litoral chileno, los numerosos puertos y el escaso número de naves disponibles para ejecutarlo.
Además, en pocos días arribarían a Chiloé los buques peruanos, el monitor "Huáscar" y la fragata blindada "Independencia" para sumarse a la Escuadra aliada, que con este significativo aporte, quedaría en condiciones de operar ofensivamente en el Pacífico.
Estos elementos de juicio aconsejaban la retirada. Pero, no se habían obtenido en el mar éxitos de resonancia o trascendencia suficientes como para considerar cumplida la mentada represalia a la nación chilena, que originó el conflicto.
Enfrentado a esta disyuntiva de cursos de acción contrapuestos, el jefe español resolvió la retirada, bombardeando antes la ciudad y el puerto de Valparaíso. Para ello notificó el día 27 de marzo por intermedio del ministro norteamericano Kilpatric al Gobernador de Valparaíso, que cuatro días más tarde bombardearía la ciudad, pidiéndole que se izarán banderas blancas en hospitales, iglesias y establecimientos de beneficencia. Además, que devolviera la Covadonga y saludara a la bandera.
Estaban surtas en la bahía las escuadras inglesa y norteamericana. La primera al mando del Almirante Denman y la segunda al mando del Comodoro John Rodgers.
El Encargado de Negocios de Inglaterra Mr. Taylor Thomson no autorizó la intervención de la escuadra inglesa para impedir el bombardeo, pues ello significaba un combate entre ambas fuerzas navales. El Comodoro Rodgers al conocer el pronunciamiento de los ingleses, no se atrevió a intervenir.
Entonces el Cuerpo Consular en pleno, hizo inútilmente una representación al Almirante Méndez Núñez, indicándole la esterilidad de su acción y la reprobación mundial y el baldón que España sufriría por ello. Poco antes del inicio del bombardeo a Valparaíso, ambas escuadras extranjeras zarparon, dejando abandonada a su suerte a la ciudad.
El día 31 de marzo de 1866, con las fragatas "Numancia", "Blanca", "Villa Madrid", "Resolución" y "Vencedora", el Almirante Méndez Núñez bombardeó el primer puerto chileno durante tres horas. Los hombres porteños se unieron en gran número a las tropas de línea y las mujeres, los niños y los ancianos se refugiaron en los cerros y quebradas. En el bombardeo sólo hubo dos muertos.
Las 2.600 bombas y granadas disparadas causaron daños avaluados en $14.733.700 de la época, equivalente a 3.6 veces el costo total de la Expedición Libertadora del Perú.
Estas son las consecuencias que Chile debió enfrentar, por no mantener un Poder Naval, consecuente con su condición geográfica esencialmente marítima.
El 11 de abril de 1871, se firma un armisticio mucho después que la escuadra española abandonara las aguas del Océano Pacífico.
Gracias a la gestión del Almirante Patricio Lynch Zaldívar se produce un acercamiento entre ambas naciones, firmándose en Lima el Tratado de Paz y Amistad, el 12 de junio de 1883.
España quedó muy mal parada con este acontecimiento y ello se reflejó en la gran repulsa de la prensa mundial, que los calificó de incendiarios y de atacar una ciudad indefensa.
Las enormes pérdidas comerciales y la pasividad de la Armada Británica causaron escándalo en el Parlamento del Reino Unido, originaron reclamos de vergüenza nacional y arruinaron la reputación de connotados personajes de la época.
Los marinos norteamericanos trataron en varias oportunidades de mediar para que el bombardeo no se consumara, y las comunidades extranjeras valoraron los esfuerzos del comodoro John Rodgers, que comandaba la flota de cinco buques, quien reconocía que no estaban capacitados para intervenir, ya que los intereses en juego eran europeos.
Luego del bombardeo se produjo un general sentimiento anti-español, recordándose que tres años antes (5 de mayo de 1863), se había recibido a algunos de estos buques, como integrantes de la flotilla de una Comisión Científica Española en el Pacífico. Sus integrantes fueron agasajados por las autoridades y comunidad hispánica residente en el puerto, con un banquete en el Teatro Victoria
Escrito por:
Carlos Saldivia Rojas
Suboficial Mayor (R)
Armada de Chile 
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