Como Colom había ordenado en su testamento que fuera enterrado en las tierras descubiertas, María Rojas Toledo, viuda de D. Diego Colom Perestrello, embarcó los restos de su esposo y los de su suegro para ser sepultados en la catedral de Santo Domingo. La fecha está en discusión, probablemente en 1537. Como la marinería en esa época era muy supersticiosa y transportar muertos en los barcos les podría acarrear desgracias, se les decapitó y el resto de los esqueletos hubieron de ser disimulados para que pasaran desapercibidos.
En el Tratado de Rijswijck, firmado el 20 septiembre de 1697 en la ciudad holandesa que lleva el nombre del tratado, se acuerda la paz entre Francia, España, Inglaterra y Países Bajos, al tiempo que España acepta la división de la isla La Española en dos colonias: Santo Domingo español, la zona oriental y Saint-Domingue francés, la zona occidental, a cambio de que España recupere la Cataluña invadida por Francia. Esta colonia francesa rápidamente eclipsó a la zona dominada por España, tanto en riqueza como en población. Fue apodada “La Perla de las Antillas”. Se hizo la colonia más próspera de las Indias Occidentales y una de las más ricas del mundo, con plantaciones de azúcar y el puerto más importante de América para los bienes y productos que salían desde y hacia Europa. Pero se basaba en un férreo y cruel sistema esclavista con una población de 300.000 esclavos negros frente a 12.000 personas libres, entre blancos y mulatos. Tras la Revolución Francesa los mulatos libres apoyados por los esclavos negros exigen igualdad de derechos como los blancos, pero los plantadores los reprimen contundentemente. Aunque tras un largo proceso emancipador y con la ayuda de Estados Unidos, en 1804 es abolida la esclavitud, son expulsados los franceses blancos y se proclama la independencia con el nombre de Haití, el nombre indígena de la isla, convirtiéndose en la primera nación independiente de Hispanoamérica y la república negra más antigua del mundo. Pero todo se revirtió y Haití se convierte en uno de los países más pobres de América por la brusca caída de las plantaciones de azúcar, reemplazándose por una agricultura y una economía de subsistencia y con un estado de insurrección casi permanentemente.
Tras el tratado de Basilea, firmado el 22 de julio de 1795, España cede a la República Francesa la parte que aún poseía de la isla Española. Pero esa cesión no llegó a hacerse efectiva, pues La República de Santo Domingo se independiza de España en 1821. De todas formas el arzobispo de Santo Domingo, fray Fernando Portillo y Torres, de gran formación académica, consideró que había que trasladar los restos de Colom a La Habana para mayor seguridad. Esperó la llegada, el 8 de noviembre de 1795, del comandante en jefe de las fuerzas españolas en el Caribe, Gabriel Aristizábal, para que, aparte de evacuar a mucha gente, promoviese el traslado de las cenizas del Almirante. Con el apoyo del arzobispo Portillo, el general Aristizábal y las autoridades políticas, José Antonio Urízar, duque de Veragua y descendiente de D. Cristóbal Colom, fija el proyecto de exhumación para el 16 de diciembre de 1795, aunque el traslado fue aprobado formalmente por la R.O. del 5 de marzo de 1796. Existe testimonio escrito de todos los que participaron en la exhumación, así como dos actas, una abreviada y otra completa, levantadas por el escribano José Francisco Hidalgo. Se abrió una bóveda que estaba junto al presbiterio donde se tomó la caja, que se encontraba deshecha y con los huesos dispersos. El duque de Veragua encargó que se recogieran esos restos junto con las planchas de metal de la caja deshecha y se colocaran dentro de un cofre de plomo dorado, que se metió en un ataúd de cedro forrado de terciopelo rojo con galones de oro, que a su vez se colocó en otra caja exterior. El representante del duque de Veragua explicó que se trataba de varios pedacitos de huesos de canilla y otras partes del esqueleto. Al día siguiente se celebraron en la catedral honras fúnebres con Misa solemne. Y a las cuatro y media de la tarde de ese día 21 de diciembre, en presencia de la Real Audiencia y de un cortejo de gala, los restos fúnebres fueron llevados al puerto donde el general Aristizábal los mandó embarcar en el bergantín bautizado Descubridor, que los trasladó hasta la bahía de Ocoa, donde se trasbordaron al barco de San Lorenzo.
El San Lorenzo, gobernado por Tomás de Ugarte, llevó esos restos al puerto de La Habana, ya que su destino sería la catedral de esa ciudad cubana. El barco llegó al puerto el 5 de enero de 1797 y entonces comenzaron los preparativos para un recibimiento de gala. Y el 19 de enero se hizo cargo de los restos fúnebres el comandante general Juan de Araoz, delegado de Aristizábal, que los entregó al gobernador de la isla Luis de las Casas en un acto solemne en el que participaron las autoridades civiles, militares y eclesiásticas. Posteriormente los restos fueron llevados a la catedral, donde el gobernador los entregó al obispo cubano Felipe José Trespalacios. Los huesos son colocados en un nicho y en 1822 se realizan obras para agrandar el nicho y colocarlos en una caja de caoba forrada de plomo con una Constitución de 1812, una medalla conmemorativa de esta y otras de plata de Carlos III y Carlos IV y algunos textos civiles y eclesiásticos. Además se colocó una nueva lápida que decía: ¡O estos e imagen del gran Colón. Mil siglos durad unidos en la urna. Al Código Santo de nuestra Nación! En 1823, cambios políticos en España obligaron quitar esa urna de plomo con el texto constitucional y se cambió el epitafio por: ¡O retos e imagen del gran Colón. Mil siglos durad guardados en la urna. Y en la remembranza de nuestra nación!
Desde mediados del siglo XIX el Ayuntamiento de La Habana pensó en realizar un monumento para albergar los restos del Almirante. En principio se pensó en construir un monumento por suscripción pública y colocarlo en el cementerio de la ciudad. Posteriormente se pensó en realizar un monumento sepulcral para la catedral de La Habana. El ministro de Ultramar encargó la elección del monumento a la Real Academia de Bellas Artes de San Fernando en Madrid. Se escogió el proyecto realizado por el escultor madrileño Arturo Mélida en 1891, que es el que sería finalizado en la catedral de Sevilla en 1902 (El museo del Prado de Madrid conserva un modelo escultórico del monumento en cera patinada)
Tras la pérdida de Cuba en 1898 se trasladan los supuestos restos de Colom de La Habana a España. El duque de Veragua, el gobierno de España y las Cortes se posicionaron en traer los restos. El 16 de septiembre el gobierno de Práxedes Mateo Sagasta autorizó el traslado. El 26 de septiembre de 1898 se extrajo la caja del nicho. La caja se puso bajo llave y el gobernador general entregó la llave al obispo y hubo en todo momento guardia de vigilancia. Hubo un debate sobre donde colocar los restos. Se pensó en situarlos junto al sepulcro de los Reyes Católicos en Granada, en llevarlos al Monasterio de La Rábida, a la Mezquita de Córdoba y al Panteón de Marinos Ilustres de San Fernando. Pero la decisión la tomó el descendiente de Colom, el duque de Veragua, que dijo que debían reposar en la catedral de Sevilla. Y el 13 de diciembre la urna embarcó en el crucero Conde de Venadito. El 16 de enero de 1899 el barco llegó al puerto de Cádiz, y su capitán, Esteban de Arriaga, entrega los restos y los documentos que certifican su autenticidad al comandante del buque Giralda, Rafael Rodríguez de Vera, para entregárselos luego al duque de Veragua y que éste los adjudicara a quien deseara.
La regente María Cristina establece por Real Decreto de 12 de enero de 1899: “A su llegada a Sevilla se tributarán a los restos mortales de Cristóbal Colón los honores fúnebres que la Ordenanza señala para el Capitán General del Ejército que muere en plaza con mando en jefe”. El 19 de enero atracó el buque Giralda en el muelle del Guadalquivir, escalinata de San Telmo, y subieron a bordo el alcalde de Sevilla, el duque de Veragua y el notario que levantó acta. El comandante entregó la caja al Duque, que a su vez dio al alcalde para que la custodiara. Luego, en comitiva solemne, se dirigieron hacia la catedral, donde el alcalde entregó la urna al arzobispo. La caja estuvo de manera provisional en un túmulo erigido en la cripta del Sagrario. En un primer momento se pensó que el lugar definitivo sería la capilla de Nuestra Señora de la Antigua. Sin embargo, la gran cantidad de enterramientos en dicha capilla hubiera provocado que, con el peso del mausoleo colombino se hubiera deteriorado todo. Con la intervención del autor, Arturo Mélida, se decidió por colocar la tumba junto al gran mural de San Cristóbal de la catedral, frente a la Puerta de los Príncipes. El 17 de noviembre de 1902, en presencia del duque de Veragua, del alcalde, el arzobispo, del cabildo y de las autoridades provinciales, se hicieron las exequias solemnes y se trasladó la caja con los restos del Sagrario hasta el mausoleo realizado por Arturo Mélida. Para custodiarla dicho escultor edificó un monumento en el que cuatro heraldos representantes de los cuatro reinos españoles (Castilla, León, Aragón y Navarra) sostienen un féretro. Este es decorativo y no posee las dimensiones del Almirante, porque los restos se encuentran en una caja en su interior, la urna de plomo dorada realizada en 1795. En la tapadera de la caja pone: “Aquí yacen los huesos de Cristóbal Colón, primer almirante y descubridor del Nuevo Mundo. R.I.P.A.”
Pero la controversia surge cuando al hacer obras en la vieja catedral de Santo Domingo se encuentran una caja en un bóveda y se convoca al arzobispo, al cónsul de Italia, al ministro del Interior, al clérigo encargado de las obras, Francisco Javier Billini y al ingeniero Castillo. Cuando se quitó el cascajo que envolvía a la caja se podía leer De la A per. Ate., y en los lados las letras C. C y A En la parte interior de la misma tapa, cincelado en caracteres góticos alemanes, pone Ylustre y Esdo Varón D. Cristóbal Colón. Se mandaron comunicados a los jefes de Estado europeos y americanos, a algunos historiadores y a la Sociedad Ligur de Historia Patria de Génova. Tras ser analizados los huesos el ministro de Justicia de la República Dominicana recogió las cenizas que se habían desprendido durante la clasificación y las entregó, con la aprobación de todos, al cónsul de Italia. Luis Cambiaso. Se llevaron luego a la Sociedad Ligur e hizo un acto en que se entregó a todos los participantes una parte de las cenizas y hasta el Papa León XIII recibió las suyas. En 1898 se construye dentro de la catedral un mausoleo de mármol y bronce para los restos. En la V Conferencia Internacional Panamericana que tuvo lugar en 1923 en Chile se convoca un concurso internacional para la construcción de un monumento para esos restos. En 1948 se empezó a construir un faraónico mausoleo para albergar la caja con los restos de Colom, aunque no logró terminarse hasta que, por el empeño personal del presidente Joaquín Balaguer que invierte ingentes cantidades de dinero, se finalizó en 1992. El monumento recibe el nombre Faro a Colón. Y en ese monumento se depositaron esos supuestos restos de Colom. Es un monumento en forma de cruz (recordando la cristianización de las Américas) que mide aproximadamente 800 metros de largo por 36’5 metros de alto. Cuando el faro está encendido proyecta una luz en forma de cruz hacia el cielo nocturno. Dicha luz puede verse aproximadamente a 64 Km de distancia. El faro se inauguró el 6 de octubre de 1992.
El proyecto de abordar el análisis del lugar de procedencia del descubridor de América surge de una propuesta del profesor del IES Virgen de las Nieves de Granada Don Marcial Castro. Dio lugar a la formación de un equipo multidisciplinar dirigido por el catedrático de Medicina Legal y Forense y director del Centro de Genética de la universidad de Granada Don José Antonio Lorente Acosta e integrado por los profesores de la Universidad de Granada Don Miguel Botella (dirige el área antropológica), Don Rafael Delgado (dirige el área edafológica) y Don Juan Carlos Álvarez (co-director del área genética) Además cuenta con la colaboración de investigadores de Roma, Florencia, Alemania y EE.UU. Este equipo se propuso, establecer, primero la autenticidad de los huesos de Cristóbal Colom y después su lugar de nacimiento para establecer su nacionalidad. El trabajo de investigación se inició en el 2001 para identificar los huesos de Cristóbal Colom en las dos tumbas oficiales que, como hemos visto, tiene, la de la catedral de Sevilla y la de Santo Domingo en la República Dominicana. El equipo de científicos españoles solicitó repetidas veces a las autoridades dominicanas analizar los supuestos restos de Colom hallados en 1877 en la catedral de Santo Domingo. Pero dichas autoridades se oponen a esos análisis. “Nosotros los dominicanos consideramos oficialmente que los restos auténticos de Cristóbal Colón están aquí basados en las pruebas documentales e históricas que existen- subraya el viceministro de Patrimonio Cultural de la República Dominicana Don Federico Henríquez Gratereaux, Y reconoce que en conservar los huesos del primer europeo que llegó al continente americano” hay un interés extraordinario de carácter turístico, así que todos los países quisieran tenerlos. Para nosotros, el valor histórico, turístico y cultural de tener los restos de Colón es de primer rango”.
Gracias a un permiso excepcional, el Dr. Lorente consiguió en 2003 exhumar los restos mortales de Cristóbal Colón custodiados en la catedral de Sevilla. La investigación genética se tiene que centrar en esos escasos restos (como mucho un 20 o 30% del esqueleto) En 2005 el Dr. Lorente los contrasta con el ADN mitocondrial (el procedente de la madre) de los restos de Diego Colom, hermano del Descubridor, custodiados en la Cartuja de Sevilla. A pesar de que los despojos de Diego Colom se encuentran en un estado muy deteriorado por infiltraciones de agua donde estaba enterrado en la Cartuja, se observó que tienen una absoluta identidad, luego son hermanos de madre. Por otra parte el cromosoma Y del cadáver de Hernando Colom, custodiado en la catedral de Sevilla y el cromosoma Y de los restos atribuidos a Cristóbal Colom de la catedral de Sevilla también resultan idénticos. En principio queda resuelto, pues, que los restos existentes en la catedral de Sevilla pertenecen al Almirante de la Mar Océano. Pero hemos de tener en cuenta que el cromosoma Y es heredado del padre por todos los hijos varones y, por tanto, idéntico en todos los ascendientes y descendientes masculinos. Esto significa que los restos habidos en la catedral de Sevilla pueden corresponder a Cristóbal Colom, el descubridor de América, pero también podría ser que dichos restos pudieran corresponder a su hijo y heredero Diego Colom Perestrello o a alguno de los nietos que también fueron enterrados en la catedral de Santo Domingo, (uno de esos nitos también se llamaba Cristóbal Colom), y cuando se decidió llevar los restos del descubridor de América a Cuba los llevaran confundidos. De todas formas, sean o no sean esos restos del propio descubridor de América, se cuenta con su auténtico material genético, su ácido desoxirribonucleico para llevar a cabo cualquier análisis genético.
Lo que no es de recibo es que, por una deficiente conservación del material genético de Diego Colom, el Dr. Lorente manifieste en el 2010 que los fragmentos de ADN mitocondrial obtenidos son muy pequeños, insuficientes para llegar a conclusiones y en el documental Colón ADN: su verdadero origen, que se emitió en TVE el 12 de octubre de 2024, certifique que Diego Colom no era hermano del Almirante, a lo sumo un familiar lejano en quinto o sexto grado. La ciencia genética no puede estar en contradicción con la ciencia histórica. Y la Historia asegura que el almirante Cristóbal Colom era hermano por parte de madre de Diego Colom como queda de manifiesto en el siguiente documento:
“Don Fernando e Doña Ysabel por la gracia de Dios (…) por hacer bien e merced a vos, don Diego Colón, hermano del almirante don Cristóbal Colón, e acatando vuestra fidelidad e leales servicios que nos habéis hecho y esperando que nos fareis de aquí adelante, por la presente vos facemos natural destos nuestros reinos de Castilla e de León, para que podáis haber e hayáis cualquier dignidades e beneficios eclesiásticos que vos fueren dados, e podáis gozar e gocéis de todas las honras e gracias e mercedes e franquezas e libertades, exenciones e prerrogativas e inmunidades”.
¿Quién tiene razón en este caso, la ciencia histórica o la ciencia genética? Hemos de tener en cuenta que la unión de las dos Coronas (Castilla y Aragón) con los Reyes Católicos fue estrictamente dinástica. Los dos estados mantenían sus leyes, impuestos e instituciones de gobierno y los aragoneses y catalanes eran considerados extranjeros en Castilla y viceversa. No vale con decir que era español, en aquella época Colom y sus hermanos eran extranjeros en Castilla como lo demuestra que Diego Colom hubo de naturalizarse castellano para obtener el obispado de Santo Domingo, que pertenecía al reino de Castilla.